Da der Heunisch eine sehr alte Sorte ist, entstand eine große Klonenvielfalt mit sehr unterschiedlicher Morphologie. Z.B. mit wechselnden Intensität von Rotfärbung an Trieb, Ranken, Knospen, Blättern und Traubengerüst, der Behaarungsintensität von Triebspitze, jungen und ausgewachsenen Blättern und der Form und Haltung von Blättern, Trauben, Beeren und Trieb. Heunisch-Klone werden daher auch mit eigenem Namen benannt wie: Weißer Heunisch, Grobheunisch, Gelber Heunisch, Rotgestreifter Heunisch und Roter Heunisch. Diese sind aber keine selbstständigen Rebsorten.