Merlot stammt ursprünglich vermutlich aus Frankreich aus der Gegend um Bordeaux. Bis heute ist sie eine der sechs Rebsorten, die für Rotweine im Bordeaux verwendet werden dürfen (die anderen sind Cabernet Sauvignon, Cabernet Franc, Carmenère, Malbec und Petit Verdot).
Zur Herkunft ist wenig bekannt. Erste Erwähnungen im Bordeaux finden sich im 14. Jahrhundert: Zu jener Zeit wurde der Merlot noch Crabatut noir genannt, und galt eher als Sekundärsorte. Eine erste komplette Beschreibung der Sorte wurde von V. Rendu im Jahr 1857 in seinem Werk Ampélographie francaise gegeben.
Im Jahr 1784 wird die Rebsorte bereits merlot genannt und galt als eine der wichtigsten Sorten des Bordelais. Noch im 19. Jahrhundert ist sie die dominante Sorte des Médoc.In der Region Venetien, Italien wird der Merlot ab dem Jahr 1855 unter dem Synonym "Bordò" erwähnt.
Forscher der University of California in Davis glauben, dass die Rebsorte in enger Verwandtschaft zum Cabernet Franc steht und ihrerseits eine Vorgängersorte des Carmenère ist. Da Carmenère- und Merlotweinstöcke sich äußerlich stark ähneln, wurden aus Frankreich importierte Reben in Chile meist in „Mischbeständen“ gepflanzt. Weil die Rebsorte in Frankreich durch die Reblausplage nahezu vollständig verschwand, geriet der Name Carmenère Anfang des 20. Jahrhunderts in Vergessenheit. Man hielt die chilenischen Reben fortan wegen ihrer Ähnlichkeit für eine Variante des Merlot. Niemand konnte jedoch den deutlichen Geschmacksunterschied zwischen Merlotweinen aus Chile und denen anderer Länder erklären.
Diesen Irrtum konnte der französische Ampelograph (Rebenkundler) Jean-Michel Boursiquot 1994 durch DNA-Analyse endgültig beseitigen.
Die Bezeichnung Merlot kommt vom französischen Wort merle (deutsch Amsel) und soll auf die Vorliebe der Amseln für die rote Rebsorte hinweisen. Der Name kann aber auch eine Anspielung auf die schöne schwarzblaue Färbung der Beeren sein.