Die populärsten Spätburgunder-Weine stammten bis Mitte des 20. Jahrhunderts aus dem Burgund, wo er vermutlich schon von den Römern angebaut wurde. In De re rustica beschreibt der altrömische Schreiber Columella eine Rebsorte, die dem heutigen Spätburgunder zugeordnet werden könnte.
Der Spätburgunder scheint in fast direkter Line von einer Wildrebe abzustammen. Die bekannte Biologin Carole Meredith schließt dies aus umfangreichen Genanalysen, die sie in den 1990er Jahren durchführte. Tatsächlich wuchsen bis zur Reblauskatastrophe Ende des 19. Jahrhunderts auch Wildreben bis im äußersten Norden Frankreichs. Die Analysen Merediths zeigen eine grundsätzliche Verschiedenheit zu den im Süden Frankreichs vorherrschenden Sorten, die vermutlich von den Griechen ins Land gebracht wurden. Eine Erklärung Ferdinand Regners, Pinot noir sei eine spontane Kreuzung des Schwarzriesling mit Traminer, konnte nicht bestätigt werden. Vielmehr ist der Schwarzriesling eine spätere Mutation des Spätburgunders.
Nach Deutschland wurde der Spätburgunder im Jahr 884 durch Kaiser Karl III. als „Clävner“ eingeführt. In Baden wurde die Sorte daher noch lange als „Clevner“ oder „Klevner“ bezeichnet.
Der Spätburgunder, auch frz. Pinot Noir, ital. Pinot Nero, Blauburgunder oder Schwarzburgunder genannt, ist eine bedeutende und qualitativ sehr hochwertige Rebsorte für Rotwein. Die Rebe hat so hohe Bedeutung erlangt und ist so begehrt, dass sie in die Nobilität der Weinwelt aufrückte und als Edelrebe bezeichnet wird. Er ist der klassische Rote der kühleren Weinbaugebiete wie zum Beispiel des Burgund, aber auch fast aller deutschen Gebiete. Der Spätburgunder ist ferner eine wichtige Rebsorte für den Champagner. Die Alterung der Spätburgunder Weine ist nur schwer vorauszusagen und somit riskant. Spitzenweine aus dem Burgund können jedoch sehr langlebig sein und entwickeln dann außerordentlich komplexe Aromen. Im Allgemeinen verliert der Wein jedoch seinen Charme.
Der Name „Pinot“ ist möglicherweise dem französischen Wort für Fichtenzapfen („pin“) entlehnt und hängt somit mit der Form der Traube zusammen.
Außer den Klonen sind etliche Rebsorten bekannt, die aus einer Mutation des Spätburgunders hervorgingen. U.a. Frühburgunder, Weißburgunder, Grauburgunder und Blauer Arbst. Der Weißburgunder könnte dabei eine Zwischenetappe zwischen dem Spätburgunder und dem Grauburgunder gewesen sein. Der genetische Fingerabdruck aller drei Sorten ist identisch!
In August 2007 gaben französische Forscher über die Zeitschrift Nature bekannt, dass die DNA des Genoms des Spätburgunders als erste Rebsorte weltweit vollständig sequenziert sei.